Dirección Jurídica y Consultiva. Formulaba los proyectos de leyes, decretos, reglamentos y demás disposiciones de carácter legal, desahogaba las consultas que a través del Ejecutivo formulaban los titulares de las dependencias; asesoraba al Ejecutivo estatal en los negocios de carácter administrativo y judicial en los que él mismo era parte; atendía los asuntos que el propio Ejecutivo le encomendaba; tramitaba los amparos en los que el Ejecutivo del Estado y sus dependencias estaban señalados como responsables o terceros perjudicados; adscribía a sus abogados a las dependencias que lo requerían; tramitaba las iniciativas de leyes y decretos; revisaba el cuerpo de Leyes del Estado para presentarle al Ejecutivo Estatal las propuestas que estimara convenientes; brindaba asesoría jurídica a los organismos descentralizados y ayuntamientos que lo solicitaran; y, además, formulaba y revisaba los acuerdos, convenios y contratos que sometía a consideración del Ejecutivo del Estado.
Dirección del Registro Público de la Propiedad. Promocionaba las actividades registrales; programaba las normas y sistemas que contribuyeran a la unificación racional del sistema registral; organizaba, vigilaba y controlaba el funcionamiento del Registro Público de la Propiedad. del comercio y del crédito agrícola; llevaba el registro y catálogo de los bienes inmuebles propiedad del Gobierno del Estado y el catastro de las propiedades, entre otras.
Posteriormente, el 17 de septiembre de 1981 se aprobó una nueva Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado de México, la cual sentó las bases orgánicas de una administración estatal más acorde a las necesidades y circunstancias que enfrentaba el Estado de México y estableció que para el estudio y despacho de los asuntos de la Administración, el titular del Ejecutivo se auxiliaría de nueve Secretarías y una Procuraduría General de Justicia.
Con este ordenamiento jurídico la Secretaría General de Gobierno cambia su denominación por la de Secretaria de Gobierno.
Para 1982 la Secretaría de Gobierno contaba con una estructura orgánica que comprendía a las Subsecretarías "A" y "B", la primera se encargaba de planear, organizar y evaluar las actividades de las unidades administrativas de su adscripción, que atendían las funciones de gobernación y de prevención y readaptación social, con apego a las leyes y reglamentos vigentes; la Subsecretaría "B" apoyaba al Secretario General de Gobierno en la conducción interna del Estado, desarrollando los estudios y planes correspondientes y atendiendo los asuntos jurídicos que permitieran la seguridad de los intereses de la población y de la entidad, a esta Subsecretaría se adscribían la Dirección General del Registro Público de la Propiedad, así como las Direcciones del Registro Civil y la Jurídica y Consultiva.
Un año más tarde, en septiembre de 1983, las Subsecretarías "A" y "B" cambian de denominación por Subsecretarías de Gobierno, conservando las mismas unidades administrativas.
Posteriormente, el 26 de julio de 1984 se publicó en la Gaceta del Gobierno el Reglamento Interior de la Secretaría, el cual mantenía la existencia de las dos Subsecretarías de Gobierno. A la primera, quedaron adscritas las Direcciones Generales de Gobernación, de Seguridad Pública y Tránsito, asi como la Dirección de Prevención y Readaptación Social, y la segunda tenía bajo su adscripción a la Dirección General del Registro Público de la Propiedad y a las Direcciones del Registro Civil y Jurídica y Consultiva.
Las Subsecretarías de Gobierno cambiaron nuevamente su denominación por Subsecretarías "A" y "13" de Gobierno, con base en sus estructuras de organización de enero y abril de 1989, pero conservaron las mismas direcciones que tenían adscritas.
Para julio de 1989, en la estructura autorizada a la Secretaría de Gobierno, contemplaba la existencia de dos Subsecretarias de Gobierno, la primera tenía adscritas a la Dirección General de Gobernación y a la Dirección de Prevención y Readaptación Social, y la segunda, a la Dirección General del Registro
Público de la Propiedad y a las Direcciones del Registro Civil y Jurídica y Consultiva, en tanto que la Dirección General de Seguridad Pública y Tránsito quedó adscrita de manera directa al Secretario de Gobierno.
A través del Decreto número 127 de la honorable "U" Legislatura del Estado de México publicado en la Gaceta del Gobierno el 19 de octubre de 1992, se reformó la Ley Orgánica de la Administración Pública del Estado, por medio de la cual se modificó la denominación de la Secretaría de Gobierno por la de Secretaría General de Gobierno, y es en este mismo año cuando se crea la Dirección General de Protección Civil, misma que llevaría a cabo las acciones de prevención y atención de desastres, emergencias y contingencias.
Un año más tarde, en 1993 se crea la Subsecretaría "C" de Gobierno, la cual era la encargada de recibir, tramitar y dar seguimiento a los planteamientos formulados al Ejecutivo por grupos u organizaciones de ciudadanos.
El Decreto del Ejecutivo del Estado del 7 de marzo de 1994, reforma y adiciona diversas disposiciones del Reglamento Interior de la Secretaría de Gobierno, entre las que destacan la denominación de la Secretaría de Gobierno a Secretaría General de Gobierno.
El 6 de enero de 1997 se actualiza el Reglamento Interior de la Secretaría General de Gobierno, en éste se precisaba la distribución del ámbito competencial de las unidades básicas de la dependencia, tal es el caso de la Defensoría de Oficio, la cual adquirió el nivel de Dirección General y dejó de estar adscrita a la Dirección General de Prevención y Readaptación Social. Las direcciones del Registro Civil y Jurídica y Consultiva también adquirieron el nivel de Direcciones Generales, y quedaron adscritas a la Subsecretaría "B" de Gobierno junto con la Dirección General del Registro Público de la Propiedad y la de la Defensoría de Oficio, en tanto que las Direcciones Generales de Seguridad Pública y Tránsito y de Protección Civil quedaron adscritas de manera directa a la Secretaría General de Gobierno.
El 12 de febrero de 1998 se modificaron diversas disposiciones del Reglamento Interior de la Secretaria General de Gobierno, entre las que destacó la creación de la Dirección General de Desarrollo Político, la cual quedó adscrita a la Subsecretaría "C", dicha unidad se encargaría de evaluar las acciones concernientes al desarrollo político de la entidad, a impulsar estudios político sociales, a fomentar y fortalecer vínculos entre los diversos actores político-sociales, a establecer mecanismos de coordinación con entidades federales, estatales, municipales y organizaciones civiles y a impulsar acciones de participación ciudadana, entre otras.
El 29 de febrero de 2000 se publicó en la Gaceta del Gobierno el Acuerdo del Ejecutivo del Estado por el que se reforma el Reglamento Interior de la Secretaría General de Gobierno, el cual modificó las denominaciones de las Subsecretarías "A", "B" y "C" por el de Subsecretaría de Gobernación, de Asuntos Jurídicos y de Desarrollo Político, respectivamente, debido a que la denominación alfabética de las Subsecretarías, evitaba la descripción genérica del trabajo interno que les correspondía, impedía la definición de la singularidad de sus actividades, debilitaba la difusión del marco de actuación legal y además suponía una jerarquía jurídico administrativa que no existía. Así, a la Subsecretaría de Gobernación se adscribían las Direcciones Generales de Gobernación y Prevención y Readaptación Social; a la Subsecretaría de Asuntos Jurídicos quedaron adscritas las Direcciones Generales del Registro Público de la Propiedad, de la Defensoría de Oficio, del Registro Civil y la Jurídica Consultiva; y a la Subsecretaría de Desarrollo Político se adscribía la Dirección General de Desarrollo Político.
Un mes después, el 29 de marzo de 2000, fue publicado en el periódico oficial "Gaceta del Gobierno" el Reglamento Interior de la Secretaría General de Gobierno, el cual estableció la creación de la Subsecretaría de Seguridad Pública, siendo entonces cuatro las Subsecretarías que se hicieran cargo de la conducción de sus actividades, conforme a lo señalado en el Plan de Desarrollo del Estado de México y en los programas regionales, sectoriales, institucionales y especiales a cargo de la dependencia, la estructura de la Secretaría se conformó de la siguiente manera: la Subsecretaría de Gobernación se conformó por la Dirección General de Gobernación; la Subsecretaria de Asuntos Jurídicos tenía bajo su adscripción cuatro direcciones generales: la Jurídica y Consultiva, del Registro Público de la Propiedad, del Registro Civil y de la Defensoría de Oficio; la Subsecretaría de Desarrollo Político contaba con la Dirección General de Desarrollo Político y la recién creada Subsecretaría de Seguridad Pública, tenía adscritas a la Dirección General de Prevención y Readaptación Social, a la de Seguridad Pública y Tránsito y la de Protección Civil.
El 3 de abril de 2001, se publicó el nuevo Reglamento Interior de la Secretaría General de Gobierno, en el que se estableció la Coordinación General de Gobernación, de la cual dependían seis Subsecretarías Regionales de Gobernación Atlacomulco, Toluca, Tlalnepantla, Valle de Bravo, Ecatepec y Nezahualcóyotl. Asimismo, considera la creación de la Dirección General de Información y Análisis, así como la dependencia directa de la Dirección General de Desarrollo Político a la Secretaría General de Gobierno debido a la supresión de la Subsecretaría de Información y Desarrollo Político.
En este mismo año, el 22 de agosto de 2001 fue publicado el Acuerdo del Ejecutivo del Estado por el que se modificó el Reglamento Interior de la Secretaría General de Gobierno, en donde se señalaba el cambio de denominación de la Coordinación General de Gobernación por el de Subsecretaría General de Gobierno, a ésta se adscribieron las Subsecretarías de Asuntos Jurídicos y de Seguridad Pública, así como las seis Subsecretarías Regionales de Gobernación y las Direcciones Generales de Información y Análisis y de Desarrollo Político, con el propósito de establecer un agrupamiento adecuado de sus áreas y una eficaz y eficiente división del trabajo.
Posteriormente, el 8 de octubre de 2003 se publicó el Acuerdo del Ejecutivo del Estado por el que nuevamente se modificó el Reglamento Interior de la Secretaría General de Gobierno, en éste las Subsecretarías de Asuntos Jurídicos y de Seguridad Pública pasan a depender directamente del Secretario General de Gobierno y se crean seis Subsecretarías Regionales de Gobierno que sumadas a las existentes, hicieron un total de 12, con residencia en los municipios de Atlacomulco, Zumpango, Ecatepec, Cuautitlán Izcalli, Naucalpan, Toluca, Texcoco, Valle de Bravo, Nezahualcóyotl, Amecameca, Ixtapan de la Sal y Tejupilco.
El 9 de febrero de 2004 fue publicado en el periódico oficial "Gaceta del Gobierno" el Acuerdo del Ejecutivo del Estado por el que se modifica el Reglamento Interior de la Secretaría General de Gobierno, el cual considera la creación de la Subsecretaría de Operación del Programa de Regionalización que dependía directamente del Secretario.
En marzo de 2005 la estructura de la Subsecretaría de Asuntos Jurídicos sufre algunas modificaciones, por ejemplo, en el área staff la Unidad de Concertación Agraria cambia de denominación para quedar como Unidad de Apoyo Técnico y en la Dirección General Jurídica y Consultiva, la Subdirección cambia de nivel y queda como Dirección.
El 19 de septiembre de 2005 el Reglamento Interior de la Secretaría General de Gobierno sufre modificaciones, entre las que destacan la creación de las Coordinaciones de Gobierno Valle de Toluca, Valle de México Zona Nororiente y Valle de México Zona Oriente, las cuales serían las encargadas de promover, integrar, fomentar y evaluar el funcionamiento de las Direcciones Generales de Gobierno, la fusión de las Direcciones Generales de Información y Análisis -; de Desarrollo Político en Dirección General de Información y Desarrollo Político, así como el cambio de denominación de las Subsecretarias Regionales de Gobernación por el de Subsecretarías de Gobierno y su reducción de 12 a 3 Subsecretarías, y la eliminación de la Subsecretaría de Operación de Programas de Regionalización.
En enero de 2006, se elimina la Dirección General de la Defensoría de Oficio para constituirse el Instituto de la Defensoría de Oficio, como órgano desconcentrado de la Secretaria General de Gobierno, de conformidad con la Ley de la Defensoría de oficio del Estado de México, publicada el 2 de enero del mismo año.
El 1 de febrero de 2006 fue publicado en el periódico oficial Gaceta del Gobierno el Acuerdo del Ejecutivo del Estado por el que se reforma y adiciona el Reglamento Interior de la Secretaría General de Gobierno y se crea el órgano desconcentrado de la Secretaría General de Gobierno denominado Agencia de Seguridad Estatal, al cual se adscriben las Direcciones Generales de Seguridad Pública y Tránsito, de Prevención y Readaptación Social y de Protección Civil, emitiéndose en esta misma fecha el Reglamento Interior de este órgano.
En octubre de 2006, la Dirección General del Registro Civil se reestructura, con el propósito de dar respuesta a la necesidad de una desconcentración funcional y territorial que propicie una mejor coordinación entre los diferentes ámbitos de Gobierno y un mayor acercamiento de las oficinas públicas en los lugares en donde se originan las demandas sociales.
Las modificaciones a la estructura orgánica de la Dirección General del Registro Civil consistieron en la creación de tres Subdirecciones del Registro Civil (Valle de Toluca Zona Centro Norte, Valle de Toluca Zona Sur y Valle de México Zona Nororiente), el cambio de nivel del Departamento de Análisis y Sistemas por el de Unidad de Informática, la modificación en la denominación de dos unidades administrativas (Departamento de Contraloría de Oficialías y el Departamento de Regularización y Programas Especiales en Programas Especiales), la readscripción de 12 unidades administrativas y la redistribución de las 252 Oficialías del Registro Civil en cada una de las Oficinas Regionales. En agosto de 2007, la Secretaría General de Gobierno propone la reestructuración administrativa de la Coordinación Administrativa en donde se autoriza la creación de la Unidad de Seguimiento y Evaluación encargada de dar cumplimiento a la nueva estrategia de inversión sectorial, la cual incorpora "Proyectos de Prestación de Servicios"(PPS) con participación de capital privado, y de atender con oportunidad los mecanismos de evaluación, control y seguimiento de las obras y acciones establecidas por la Secretaría de la Contraloría. Se crea la Subdirección de Recursos Materiales y Servicios Generales con la finalidad de coordinar y supervisar las acciones relativas a la adquisición, almacenamiento, control y suministro de bienes y servicios con el Departamento de Servicios Generales, el cual se encargaría de la contratación de servicios indispensables para el funcionamiento de la Secretaría General de Gobierno en su conjunto; se crea el Departamento de Modernización Administrativa con el objeto de contribuir a la ejecución de acciones encaminadas a promover proyectos de modernización y mejoramiento de los sistemas de trabajo de las unidades adscritas a la propia Coordinación Administrativa, se modifica el nombre del Departamento de Recursos Materiales y Servicios Generales por Departamento de Adquisiciones y Control de Bienes; se cambia de denominación la Subdirección de Administración por Subdirección de Administración de Personal y Modernización Administrativa, con la finalidad de que las materias y funciones que se desarrollan en esa unidad administrativa corresponda con la denominación.
Es así como la Coordinación Administrativa se fortalece mediante la creación de cuatro unidades administrativas (Unidad de Seguimiento y Evaluación,Departamento de Modernización Administrativa, Subdirección de Recursos Materiales y Servicios Generales y Departamento de Servicios Generales), la readscripción de una (Departamento de Adquisiciones, Control de Inventarios y Almacén) y el cambio de denominación de una (Subdirección de Administración de Personal y Modernización Administrativa).
Por otra parte, en enero de 2008 se elimina de la estructura de la Subsecretaría de Asuntos Jurídicos a la Dirección General del Registro Público de la Propiedad, debido a que se constituye el Instituto de la Función Registra] del Estado de México como un organismo público descentralizado.
En marzo de 2008 considerando que los problemas agrarios que se suscitan en la entidad rebasan el orden jurídico para derivar en controversias sociopolíticas que desestabilizan el orden público, se crea en el área staff de la Secretaría la Unidad de Asuntos Agrarios, con nivel jerárquico equivalente a Dirección de Área, con el propósito de brindar atención especializada y el seguimiento hasta su resolución de los asuntos agrarios y constituirse en enlace con las instancias federales, estatales y municipales, y las organizaciones campesinas, con la finalidad de evitar que los juicios agrarios se compliquen y generen problemas sociopolíticos por falta de atención especializada y puntual del Gobierno del Estado.
Asimismo, en abril de 2008 con la finalidad de fortalecer los canales de comunicación entre el gobierno y la sociedad en la región de Ecatepec, y generar nuevas vías de diálogo con la población, principalmente en los municipios de Acolman, Axapusco, Nopaltepec, Otumba, San Martín de las Pirámides, Tecámac, Temascalapa y Teotihuacan; se crea la Dirección General de Gobierno Otumba, la cual tiene como propósito planear, organizar, dirigir y controlar los mecanismos de comunicación y coordinación que permitan fortalecer las relaciones entre las autoridades del Ejecutivo Estatal con otras autoridades municipales y federales y con los Poderes Legislativo y Judicial del Estado, que se ubiquen en la zona de su competencia. así como atender e intervenir en la solución de los asuntos de la política interior para proteger la estabilidad y paz social. Esta Dirección General, se encuentra integrada por cinco unidades administrativas (una Dirección General y cuatro Departamentos).
En septiembre se determinó incorporar en la estructura orgánica de la Secretaría General de Gobierno, a la Subsecretaría de Información y Desarrollo Político, la cual para el cumplimiento de sus funciones tiene a su cargo dos direcciones generales, de Información Sociopolítica y de Vinculación y Desarrollo Político.
Asimismo, el Departamento de Adquisiciones, Control de Inventarios y Almacén de la Coordinación Administrativa cambia su denominación por la de Departamento de Recursos Materiales toda vez que esta nomenclatura es genérica, lo que permite sea abarcante a las funciones que tiene asignada esa unidad administrativa.
El I° de diciembre de 2008 se publica en el Periódico Oficial "Gaceta del Gobierno" el Decreto por el que se crea el Centro de Control de Confianza del Estado de México como un organismo público descentralizado, sectorizado a la Secretaría General de Gobierno.
En diciembre de 2008, la Dirección General de Vinculación y Desarrollo Político modifica la denominación de tres unidades administrativas que tiene bajo su adscripción: Departamento de Vinculación con Agrupaciones Políticas por Departamento de Concertación, Departamento de Vinculación con Organizaciones de la Sociedad Civil por Departamento de Coordinación y Departamento de Difusión y Fomento por Departamento de Estudios y Difusión, toda vez que éstas son congruentes con las actividades sustantivas que tienen encomendadas.
En agosto de 2009, con el objeto de fortalecer el funcionamiento de la Secretaría General de Gobierno se crean dos unidades administrativas en el área staff del titular de la dependencia; una que se encargaría de coordinar, promover y dar seguimiento a las solicitudes y demandas de la ciudadanía respecto a los programas establecidos en la misma, así como aquellos que se vinculan con otros órdenes de gobierno y con los sectores social o privado (Coordinación de Vinculación Interinstitucional) y la otra de dar el seguimiento y evaluar las acciones que se lleven al interior de la misma para la adecuada toma de decisiones (Coordinación de Estrategia Operativa), con nivel de dirección general.
En septiembre de 2009, se modifica la estructura de la Agencia de Seguridad Estatal con los siguientes cambios: derivado de las reformas a la Ley de Seguridad Pública Preventiva del Estado desaparece de la estructura de la Dirección General de Seguridad Pública y Tránsito el Colegio de Policía para dar paso al Instituto de Profesionalización como unidad staff de la Agencia; desaparecen de la estructura de la Dirección General de Prevención y Readaptación Social 20 preceptorías y se incorporan a esta misma Dirección la estructura y funciones de la Dirección General de Administración de Seguridad Penitenciaria, misma que desaparece como tal.
En febrero de 2010 se aprueba la Ley de la Defensoría Pública del Estado de México con lo cual se modifica la denominación del Instituto de la Defensoría de Oficio por Instituto de la Defensoría Pública del Estado de México.
El 10 de mayo de 2010 se reforma el Reglamento Interior de la Secretaría General de Gobierno, a través del cual se formaliza la división de la competencia territorial de la Subsecretaría de Gobierno Valle de México Zona Oriente, adscrita a la Secretaría General de Gobierno, a través de la constitución de una nueva Subsecretaría de Gobierno Valle de México Zona Oriente 11, la cual asume la coordinación y control de tres regiones del Estado de México (Nezahualcóyotl, Amecameca y Chalco, esta última de nueva creación).
Con fecha 18 de octubre de 2011 se publicó en la Gaceta de Gobierno el decreto no. 359 por el que se reforman los artículos 19 en su parrafo tercero y 21 en sus fracciones X, XVI y XX; se adiciona a los artículos XIX la fracción II (Secretaría de Seguridad Ciudadana), recorriendose en su orden las actuales, y el artículo XXI Bis. (a la Secretaría General de Gobierno corresponde, además de las atribuciones que expresamente le confiere la Constitución Política del Estado, el despacho de los siguientes asuntos...); y se derogan el artículo XXI las fracciones XVII XVIII XIX y XXI de la ley Ogánica de la Administración Pública del Estado de México. Se establece la desincorporación de la Agencia de Seguridad Estatal de la Secretaría General de Gobierno y la creación de la Secretaría de Seguridad Ciudadana.
