La Secretaría General de Gobierno es el órgano encargado de conducir, por delegación del Ejecutivo, la política interior del Estado y la coordinación y supervisión del despacho de los asuntos encomendados a las demás dependencias.

Para el estudio, planeación y despacho de los asuntos de su competencia, y la ejecución de los programas, proyectos y acciones, la Secretaría General de Gobierno, cuenta con las Subsecretarías: General de Gobierno; Desarrollo Municipal; Asuntos Jurídicos; y Desarrollo Político.

Asimismo,  cuenta con los siguientes órganos desconcentrados: Secretariado del Sistema de Seguridad Pública; Instituto de la Defensoría Pública; Secretaría Técnica del Consejo Estatal de Población; e Instituto de la Defensoría Especializada para las Víctimas y Ofendidos del Delito, y dos organismos públicos descentralizados: Instituto de la Función Registral y Centro de Control de Confianza del Estado de México.